Sophie dan Josh Newman tiba di London, bersama Nicholas Flamel, untuk mencari seseorang yang dapat mengembangkan kemampuan sihir mereka. Namun, London adalah kota kekuasaan Dr. John Dee. Tak ayal kedatangan mereka segera disambut oleh sergapan makhluk-makhluk suruhan Dee.





Sementara itu, Perenelle Flamel masih terperangkap di Alcatraz. Bersama si Laba-Laba Tua, dia mencari cara untuk bisa keluar dari pulau itu, tempat Dee menidurkan sekian banyak monster dan makhluk aneh di dalam sel-sel penjara.





Para Tetua Gelap memberi Dee kesempatan terakhir untuk menangkap Flamel dan si Kembar serta merebut dua lembar terakhir Codex, sementara Machiavelli ditugaskan untuk menangani sang Sorceress di Alcatraz.





Si Kembar dengan kekuatan yang semakin berkembang harus mengawal lembaran terakhir Codex itu demi kelangsungan hidup manusia. Bersama sang Alchemyst yang semakin menua, mereka harus menghadapi serangan Dee yang didukung penuh oleh para Tetua Gelap.