Homunculus yang awalnya hanya legenda, kini mulai bermunculan di negeri Amestris. Namun, sosok mereka masih misterius dan belum bisa ditebak, apakah sebagai lawan atau kawan. Yang jelas, mereka menghalalkan segala cara untuk mencapai misinya dan tidak segan menumpahkan darah. Sementara itu, Ed diundang oleh Mayor Armstrong untuk pergi ke negeri Timur guna mengungkap tabir misteri kematian Letkol Hughes...