Dalam pertempuran melawan para homunculus, Ling mengambil risiko dengan membiarkan Greed merasuki dirinya! Scar sendiri harus mengakui bahwa ia belum bisa mengalahkan “sang ayah” dari para homunculus, dan terpaksa melarikan diri. Melihat kondisi yang semakin chaos, Ed berniat mundur dari militer, namun Fuhrer mengancamnya dengan keselamatan Winry! Lalu, apa yang sebenarnya terjadi pada perang pemusnahan suku Ishval? Siapa yang memulainya, dan apa tujuannya? Inilah latar belakang dari perjuangan Roy Mustang, Riza Hawkeye, dan Maes Hughes! Kengerian yang mereka alami di perang itu, membuat tekad mereka bulat untuk membongkar sisi gelap militer amestris!