Pelayaran Terakhir adalah kolase kisah yang saling bertaut. Ada istri yang tetap menanti kepulangan suami saat Lebaran, padahal dia tak bisa pulang lagi. Dengan berat hati seorang ibu merestui anaknya nikah dengan pelacur. Seorang ustaz menggunakan agama untuk menjegal bupati yang ingin kembali berkuasa. Seorang mahasiswi kedokteran bertemu lagi dengan temannya yang putus sekolah demi mendapatk…